El INRH está actualmente en un proceso de perfeccionamiento, por lo que su estructura ha cambiado permitiendo la separación de las funciones estatales de las empresariales.
El Órgano Central lo integran la Dirección del Instituto compuesta por el Presidente, quien es su máxima autoridad, los Vicepresidentes, las unidades organizativas que ejercen las funciones rectoras y la autoridad funcional en todo el Sistema del Instituto, las entidades subordinadas y los órganos auxiliares, los que se relacionan a continuación:
- Dirección General de Desarrollo de la Infraestructura:
- Dirección de Infraestructura e Inversiones.
- Dirección de Planeamiento Hidráulico.
- Dirección de Ciencia, Tecnología e Innovación.
- Dirección de Relaciones Internacionales y Colaboración
- Dirección General de Gestión Integrada del Agua:
- Dirección de Hidrología e Hidrogeología.
- Dirección de Calidad del Agua y control de la contaminación.
- Dirección de Balance de Agua.
- Dirección de Acueducto, Drenaje Urbano y Saneamiento.
- Dirección de Registro Nacional de las Aguas Terrestres.
- Dirección General de Inspección y Sistemas:
- Dirección de Organización, Planificación de Actividades e Información.
- Dirección de Economía y Capital Humano
- Dirección de Inspección y Fiscalización
- Dirección de Tecnología Informática, Comunicaciones y Automática.
- Dirección de Comunicación Institucional.
- Dirección Jurídica.
- Dirección de Auditoría Interna.
- Dirección de Defensa y Seguridad.
El INRH cuenta con las entidades subordinadas siguientes:
- Trece (13) Delegaciones Provinciales y una (1) Delegación Municipal en el municipio especial Isla de la Juventud.
- Puesto de Dirección;
- Unidad de Aseguramiento y Servicios
- Escuela Ramal.
Tiene como órganos auxiliares a la Secretaría y a la Secretaría del Consejo Nacional de Cuencas Hidrográficas.