El Instituto Nacional de Recursos Hidráulicos se constituye el 10 de agosto de 1962 dirigido por el Comandante Faustino Pérez Hernández, quien tuvo la misión de llevar a la práctica las ideas del Comandante en Jefe, Fidel Castro Ruz, en torno a la consolidación de los primeros cimientos del ambicioso programa hidráulico llevado a cabo por  la Revolución en esa década.

Este organismo sentó las bases del trabajo hidráulico en el país, diseñando la primera estrategia nacional para ese objetivo, iniciando además un ambicioso programa de construcciones hidráulicas. Asume también en la actualidad  la atención a los servicios de acueducto y alcantarillado en todo el país.

En 1969 y posteriormente en 1977, se producen cambios institucionales en algunos sectores gubernamentales, adoptándose otras organizativas para la dirección del trabajo hidráulico en el país.

Fruto de un proceso de reajuste administrativo,  en 1969 se disuelve el INRH, y sus funciones transitan por otras entidades, hasta que en 1977 se crea el Instituto de Hidroeconomía.

A esas estructuras correspondió dar continuidad al Programa Hidráulico iniciado, desarrollando en cada momento los trabajos de prospección, evaluación y actualización del potencial hidráulico del país, los proyectos y las construcciones hidráulicas, la operación de las nuevas obras hidráulicas resultantes de este programa constructivo, así como la atención a los servicios de agua y saneamiento que incrementaban año tras año las coberturas.

Luego en 1989, como consecuencia de otro proceso de reajuste administrativo, y con la rúbrica del Decreto Ley 114, el seis de  junio de 1989,  se constituye nuevamente el INRH como Organismo de la Administración Central del Estado, adoptando el mismo nombre que el fundado 17 años atrás.

INRH: ORGANISMO DE LA ADMINISTRACIÓN CENTRAL DEL ESTADO.

El 6 de junio de 1989, mediante el Decreto Ley 114, y con el fin de perfeccionar, potenciar, y jerarquizar la rectoría de los Recursos Hidráulicos en el país, se crea el Instituto Nacional de Recursos Hidráulicos como Organismo de la Administración Central del Estado, encargado de dirigir, ejecutar y controlar la aplicación de la política del Estado y el Gobierno en cuanto a la actividad de los Recursos Hidráulicos del país y, el que además de las funciones comunes a todos los organismos de la Administración Central del Estado, tiene las atribuciones y funciones específicas siguientes:

1. Organizar y dirigir en coordinación con los organismos competentes la protección de las aguas terrestres, las cuencas, los cauces naturales, las obras e instalaciones hidráulicas contra peligros de contaminación, azolvamiento y otras formas de degradación y deterioro, así como el control sistemático de la calidad de las aguas.
2. Determinar con los organismos que correspondan, las regulaciones necesarias para la protección de los objetivos económicos, sociales y el medio ambiente natural, de los efectos nocivos que pudieran causar las aguas terrestres, estableciendo las acciones de organización, aseguramiento y control que garanticen la seguridad y el correcto funcionamiento de las instalaciones hidráulicas, de las obras de protección contra inundaciones, el drenaje subterráneo y la capacidad de conducción de los cauces naturales o artificiales.
3. Determinar y mantener actualizado el potencial hidráulico del país, poner a disposición de los organismos competentes los datos y caracterización del ciclo hidrológico relativo a las aguas superficiales y subterráneas, las lluvias y la evaporación.
4. Proponer la estrategia de desarrollo hidráulico del país y en correspondencia normar y controlar la actividad de proyecto e inversiones de las obras hidráulicas que se ejecuten.
5. Planificar, normar y controlar los recursos hidráulicos, así como la operación, vigilancia técnica y el mantenimiento de las obras e instalaciones hidráulicas.
6. Determinar y mantener actualizados los estudios y evaluaciones del potencial hidroenergético en lo que le compete.
7. Normar y controlar la actividad de acueducto, alcantarillado y drenaje fluvial.
8. Organizar y garantizar el funcionamiento del registro nacional de aguas terrestres en el que se inscribirán las concesiones, asignaciones y permisos relativos al uso de las aguas y a su preservación, con lo que determine la Ley.

Posteriormente, a partir del 20 de  abril del  2007 se decide adscribir el INRH al Ministerio de la Construcción, condición que se mantuvo hasta el seis de enero del 2011, cuando por el Decreto Ley 280 del Consejo de Estado de la República de Cuba, se le restablece  al INRH la categoría de Organismo de la Administración Central del Estado, y por acuerdo de este propio órgano, es designada como presidenta de la institución la Ingeniera Inés María Chapman Waugh, quien continúa desempeñando esa responsabilidad en estos momentos.

El primero de julio de 1993 fue promulgado el Decreto Ley 138 de las Aguas Terrestres, tanto superficial como subterráneas, cuyo objetivo es desarrollar los principios básicos establecidos en la Constitución de la República de Cuba y en la Ley de Protección del Medio Ambiente. Hasta la fecha tenía vigencia formal en Cuba la Ley de Aguas de España del 13 de junio de 1879, promulgada en la Isla por Real Decreto del 19 de enero de 1891.